La diversidad de ambientes ofrece distintas posibilidades de hábitat a una gran variedad de Fauna de los Esteros del Iberá.
Con sus al menos 125 especies de peces y abundantes poblaciones de varias de ellas, el Iberá es un reconocido reservorio de peces de la cuenca del Plata, contribuyendo significativamente a la diversidad biológica del mundo y proporcionando un importante aporte económico a la región.
Se estima que constituye un sitio de refugio y posiblemente cría de algunas especies de interés comercial del río Paraná que ingresan por el curso del río Corriente, como el dorado (Salminus maxillosus), el sábalo (Prochilodus lineatus) y la boga (Leporinus obtusidens), entre otros.
Existen al menos 40 especies de anfibios que habitan la región, entre los que se destacan las ranas de los géneros Leptodactylus, Physalaemus, Hyla, Scinax y Lysapsus. Estas dominan el humedal y, junto con invertebrados como crustáceos y gasterópodos, son el alimento de muchas aves y reptiles.
344 especies de aves recorren los cielos y suelos del Iberá.
Es común encontrar varias especies de aves cohabitando en el interior o en las márgenes de los esteros: Chaja (Chauna torquata), bigua común (Phalacrocorax olivaceus), bigua vibora (Anhinga anhinga), cigüeña (Ciconia maguari), hocó colorado (Tigrisoma lineatum), garza mora (Ardea cocoi), garza blanca (Egretta alba), chiflón (Syrigma sibilatrix), garza bruja (Nycticorax nycticorax), pollonas (Gallinula chloropus), pato cutiri (Amazonetta brasiliensis), ypacaha (Aramides ypecaha), jacana (Jacana jacana) y tero (Vanellus chilensis), entre muchas otras.
Unas 60 especies de reptiles pueblan el Iberá. Los más característicos por su gran abundancia son el yacaré negro (Caiman yacare) y el yacaré overo (Caiman latirostris).
Ambas especies son los mayores predadores del humedal. Estos son unos de los animales más favorecidos por la conservación del área, mostrando una franca recuperación tras años de persecución por cazadores comerciales.
Las serpientes predadoras más importantes son la curiyú o anaconda amarilla (Eunectes notaeus) y la ñacanina o culebra acuática (Hidrodinastes gigas). La primera de ellas fue muy perseguida comercialmente en el pasado, pero hoy encuentra en el Iberá un lugar para su conservación.
Los ambientes del Iberá albergan poblaciones abundantes de mamíferos, entre los que se encuentran los animales más carismáticos de Corrientes, como el carpincho (Hydrochaeris hydrochaeris), el aguará-guazú (Chrysocyon brachyurus), el lobito de río o nutria verdadera (Lontra longicaudis) y el ciervo de los pantanos (Blastoceros dichotomus). Además, los pastizales de la región ofrecen uno de sus últimos hábitats a un animal en serio riesgo de extinción, el venado de las pampas (Ozotoceros bezoarticus).
La Fauna de los Esteros del Iberá también posee habitantes exclusivos… especies endémicas que no existen en ningún otro lugar del planeta. Dos especies de mojarras (Astyanax pynandi y Hyphessobrycon auca) nadan en las aguas de algunas lagunas y canales naturales de la región, y plantas de las especies Oxipetalum fontelae, Bernardia asplundii, Jatropa pedersenii, Portulaca meyeri, Picrosia cabreriana, Elatine lorentziana crecen únicamente en los suelos del Iberá.
