Se desconoce la ubicación de la primitiva capilla del Fuerte, en el siglo XIX ante la inexistencia de un templo los oficios religiosos se realizaban en la vivienda del sacerdote, ubicada en el solar que hoy ocupa el Club de Pelota.
Cuando Pedro Nicolás Escribano fundó el fuerte que daría origen a Chascomús, eligió como patronos a San Juan Bautista y a Nuestra Sra. de La Merced, y en ese lugar erigió una iglesia, lugar de oración de los primeros pobladores.
Fue en la Navidad de 1832, cuando a partir de la colocación de su piedra fundamental comenzó a edificarse la actual Iglesia de Nuestra Señora de la Merced.
Entre 1832 y1846 se llevaron a cabo las tareas de construcción del Templo, siendo inaugurado en 1847 con el padrinazgo del Gobernador Juan Manuel de Rosas, representado en la ceremonia por su hermano y vecino de Chascomús el Gral. Prudencio Ortiz de Rozas.Más allá de las sucesivas reparaciones y modificaciones, tanto la planta como la fachada se conservan tal como el Ingeniero Felipe Senillosa la diseñó.
El emplazamiento actual fue construida en 1879, está ubicada en el lugar más alto de Chascomús, su estilo arquitectónico tiene vagas reminiscencias del romántico y las dos torres están decoradas con mosaicos azules de estilo bizantino.
En 1980, el Papa Juan Pablo II creó la Diócesis de Chascomús y la iglesia fue elevada a la categoría de Catedral.
