El arroyo del Medio es el curso más importante de agua que tiene el sur de la provincia de Santa Fe y señala además el límite con la Provincia de Buenos Aires.
Este arroyo nace de unas de las lagunas ubicadas en el partido de Colón y de la laguna del Cardozo.
El arroyo recorre un largo trecho para afluir al río Paraná por el canal del Yaguarón, en la zona norte de la ciudad.
Por su importancia fue denominado el «Rubicón Argentino» a imitación del río Piciatello o Fiumicino del norte de Italia, que era el límite para los ejércitos romanos.
El arroyo Ramallo, que fue conocido como «Arroyo Tercero» tiene su origen en los Manantiales Grandes y Manantiales Chicos, para desembocar en el río Paraná, y separa al Partido de San Nicolás de su vecino Ramallo.
El serpenteante arroyo Yaguarón atraviesa el denominado Parque Aguiar hasta la zona del Balneario Municipal, y debe su nombre a una leyenda guaraní que habla de un monstruo con cabeza de perro y cuerpo de serpiente que habita en sus profundidades.
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